Verksamheten leds av styrelsen som väljs av årsmötet. Styrelsen består av 9 ledamöter och ersättare. Ordförandeskapet cirkulerar med ettårsintervaller. Styrelsen utser inom sig ett presidium.

SMRs kansli verkställer styrelsens beslut och samordnar verksamheten. Kansliet leds av generalsekreteraren.

Styrelsen utser två utskott, ett informationsutskott och ett utvecklingsutskott, som beslutar om  användandet av Sida bidrag genom SMR för utvecklingsinsatser i syd och öst samt för informationsinsatser om globala rättvisefrågor i Sverige. Besluten i utskotten utgör grunden för SMRs ansökan till Sida. (» Läs mer om utskottens roll och funktion)

Inom SMRs nätverk finns också arbetsgrupper, som uppstår när en fråga behöver särskild bearbetning. För närvarande finns följande grupper: arbetsgruppen för fältstudier, arbetsgruppen för missionärsutbildning, arbetsgruppen för missionsteologi, personalgruppen, SMAK - Svenska missionsrådets arbetsgrupp för Kinafrågor.